یکی از مهمترین مصارف بنتونیت در ایران و خارج از کشور در صنعت حفاری است. به طوری که بیشترین صادرات بنتونیت به این نوع خاص از بنتونیت تعلق می‌گیرد. استاندارد بنتونیت حفاری تولید شده در ایران به ۲ نوع تقسیم می‌گردد. بنتونیت مخصوص حفاری با استاندارد اکما و دیگیری با استاندارد API نوع بنتونیت استفاده شده در حفاری نفت و گاز از نوع بنتونیت های سدیم دار بوده و با آزاد شدن بنتونیت در آب، پوسته‌های نسبتاً بزرگ سدیم بنتونیت به ذرات کلوئیدی تبدیل شده و انرژی الکتریکی ذخیره شده در شبکه بلوری را آزاد می‌کنند و در حدود ۱۵ تا ۳۰ برابر حجم اولیه متورم می‌شوند. از این خاصیت در حفاری برای پراکنده سازی مواد سنگین‌کننده و قطع حفاری استفاده می‌شود، بدین صورت بنتونیت پوششی را روی دیواره چاه ایجاد کرده و از مهاجرت نفت و گاز ممانعت می‌کند و دیواره را پایدار و مته را نیز چرب می‌کند. همچنین بنتونیت، مواد آلی و غیر آلی را از مخلوط آب جذب کرده و ویسکوزیته آن در برداشت و بالا آوردن نخاله‌های حفاری کمک می‌کند.
بنتونیت ۲-۵% وزنی گل‌های حفاری آبی را تشکیل می‌دهد, هر چند در انواع دیگر گل حفاری مانند انواع روغنی یا مصنوعی نیز روز بروز کاربرد بیشتری پیدا می‌کند، در بعضی موارد آن ۲-۱% را به خود اختصاص داده و یا کاملاً با پلیمرها جایگزین می‌شود. این شیوه استفاده از حدود ۷۰ سال پیش در این صنایع استفاده شده، خاصیت تعلیق پذیری و استاندارد آن در علضت های بالا و همچنین درز گیری در اثر تورم مهمترین دلایل برای استفاده از بنتونیت در این صنایع است.
باید بخاطر داشت بنتونیت های کلسیدی در این نوع صنعت به ندرت استفاده می‌گردند.